Я не совсем уверен, каков ваш предполагаемый рабочий процесс, но вы можете получать удаленные изменения, не влияя на текущую ветвь или индекс.
git fetch
Затем вы можете объединить извлеченные изменения с текущим индексом, не настраивая коммит слияния, но это довольно непонятная и необычная вещь, которую нужно делать.
git read-tree -m HEAD origin/remote-branch
Версия с двумя деревьями лучше, если удаленная ветвь является быстрой перемоткой вашего текущего заголовка, если нет, тогда лучше использовать вариант трехстороннего слияния.
git read-tree -m $(git merge-base HEAD origin/remote-branch) HEAD origin/remote-branch
Прочтите справочную страницу для git read-tree
для получения подробной информации о различиях.