Попробуйте:
RewriteRule ^.*/(\w+)\b$ /index.php?permalink=$1
^
Утверждение позиции в начале строки.
.*/
Совпадение с любым отдельным символом или ничем до последнего /
.
(\w+)
Совпадение букв, цифр, подчеркиваний, по крайней мере, с одним символом и захватывание его как номера группы 1.
\b
Утверждение позиции на границе слова.
$
Утверждение позиции в концеline.
Таким образом:
http://mydomain.com/word1
становится /index.php?permalink=word1
http://mydomain.com/publish_files/word2
становится /index.php?permalink=word2
Для запроса комментариев, попробуйте это, но я еще не проверял:
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^(http://)?{HTTP_HOST}/[^/]+/.*$ [NC]
RewriteRule ^.*$ /index.php
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^(http://)?{HTTP_HOST}/\w+$ [NC]
RewriteRule ^.*/(\w+)$ /index.php?permalink=$1