cron.php
- правильный путь, даже при многосайтовой установке: Drupal проверяет HTTP_HOST, чтобы увидеть, на какой сайт загрузиться.Вы упомянули в комментарии, что оно было переименовано: помимо переименования или запуска задания cron для переименованного файла, вы также можете запустить его со страницы отчета о состоянии или через Drush:
/usr/bin/php /path/to/drush.php -v -l http://example.com -r /path/to/drupal/ cron
или просто
drush -l http://example.com cron
, если у вас есть пути, настроенные для cron.