запустите mysqldump с «--skip-opt», чтобы получить 2 файла дампов, например:
mysqldump --skip-opt -u $MY_USER -p$MY_PASS mydb1 > /tmp/dump1.sql
mysqldump --skip-opt -u $MY_USER -p$MY_PASS mydb2 > /tmp/dump2.sql
сравнить, используя следующие параметры diff:
diff -y --suppress-common-lines /tmp/dump1 /tmp/dump2