Я только что попробовал твой код. Кажется, в IE свойство display, установленное в «скрытом» классе css (display: none), не переопределяется, даже если вы вызвали show (). Либо удаление класса css для клонированных элементов select, либо явное задание для свойства display значения block и inline работает:
$select.removeClass('hidden');
(или)
$select.css({display:'block'});