Когда приложение запускается, код запуска ищет в Info.plist приложения ключ NSMainNibFile, загружает указанный файл * .xib и приложение оттуда продолжает работу. Шаблоны в Xcode настроены так, что MainWindow.xib содержит экземпляр делегата приложения, который затем, в свою очередь, получает свое приложение: вызывается метод didFinishLaunchingWithOptions.
Таким образом, MainWindow.xib действительно служит отправной точкой для вашего приложения.
В зависимости от того, какой шаблон Xcode вы использовали, файл MainWindow.xib также содержит экземпляр вашего ViewController, поэтому, если вы хотите показать в качестве корневого контроллера представления другой ViewController, чем тот, который создан шаблоном проекта, вы должны отредактировать его за это.