Я не уверен, что запуск установщика отдельно решит вашу проблему. Это больше похоже на проблему с разрешениями, которую вы могли бы решить, используя манипуляции ACL. Если у приложения еще нет разрешений для работы с этой папкой, возможно, вы сможете написать собственное действие для устранения проблемы, добавив необходимые разрешения для вашего процесса.
Другой способ сделать это - убедиться, что удаление каталога происходит в рамках пользовательского действия, которым вы управляете (например, вы владеете / поддерживаете код, который выполняет удаление, а не полагаетесь на MsiExec, чтобы сделать это за вас ). Затем установите это настраиваемое действие для запуска в контексте системы, чтобы оно имело те же разрешения, что и служба. Это должно предоставить вашему установщику достаточные права для удаления папки.