Прежде всего, я не знаком с Sync, но краткий обзор обзора предполагает, что вашему клиенту потребуется предоставить либо веб-службу, либо канал RSS, чтобы среда выполнения Sync могла получить данные для синхронизации из процесса Java.
Проблемы, с которыми я сталкиваюсь в вашем дизайне, состоят в том, что обычно существует более одного клиента, но семантически один сервер - в данном случае база данных MySQL. Я подозреваю, что это приведет к тому, что Sync решит, что при работе нескольких клиентов возникают конфликты, но я могу ошибаться.
В любом случае, кроме того, я полагаю, что ваша цель состоит в том, чтобы синхронизировать базы данных MySQL и MSSQL? Если это так, то почему бы не запустить процесс на стороне сервера перед базой данных MySQL, которая становится участником синхронизации. Если у вас уже есть .Net на стороне сервера, вы даже можете написать его на C #, что должно облегчить проблемы взаимодействия.
Если вы настроили клиент на участие в Sync, взгляните на Jakarta Commons, который, я думаю, содержит код, необходимый для превращения вашего клиента в простой веб-сервер, который понадобится ему для выступать в качестве веб-службы или RSS-канала.