Какой смысл их объединять?
Хотите ли вы, чтобы пользователи получали впечатление от использования только одного сайта? Если это так, важно иметь один логин и один внешний вид.
Хотите облегчить администрирование? Тогда объединение баз данных может быть полезным. Но, честно говоря, говоря о двух базах данных, я не буду сильно беспокоиться об этом.
Обновление:
Скорость: во многом зависит, быстрее ли две или одна база данных. Единственный способ сказать, это действительно попробовать. И помните, что настройка стоит усилий только тогда, когда производительность может стать проблемой.
Надежность. С одной базой данных проблема БД с одним сайтом автоматически становится проблемой для обоих сайтов.
Безопасность: это похоже на надежность: уязвимость на одном сайте может пробиться на другой сайт, что плохо, если один сайт электронной коммерции.
Ремонтопригодность: если у вас есть только одна база данных, вам нужно обновить только одну, резервную копию, поэтому следует сократить трудозатраты. Но: вы не можете обновить один, оставив другого в покое.
Удобство использования (для разработчика): одна база данных проще в использовании, если транзакции охватывают оба сайта. Если у вас их нет, это не имеет большого значения.