Сообщение, на которое вы ссылаетесь, не имеет ничего общего с TFS, оно имеет отношение к интегрированному управлению источниками в Visual Studio. Если вы действительно хотите избавиться от этого сообщения, перейдите в Сервис-> Параметры-> Управление исходным кодом и установите для вашего поставщика управления исходным кодом значение "none".
Затем перейдите и загрузите Team Foundation Power Tools и включите доступ к оболочке, и вы сможете щелкнуть правой кнопкой мыши в проводнике Windows и зарегистрироваться оттуда. Если вы не хотите этого делать, вы можете выполнить возврат из командной строки TF.EXE.
А если серьезно, если вам не нравится автоматическая проверка, просто выключите ее. У вас есть возможность автоматически проверять TFS, запрашивать извлечение или ничего не делать и оставлять файлы в состоянии «только для чтения», пока вы явно не проверите их.