Если просто перезапустить Xcode и iPhone не помогает, посмотрите свои профили обеспечения. Shift-Command-2 вызывает это из Xcode. Затем вы можете выбрать устройство, а затем подготовить профили в нем. Удаление ваших профилей (у меня было множество похожих записей, созданных XCode), а затем перезапуск XCode, и iPhone устраняет проблему.
Если ваше приложение является фоновым, вам нужно будет вручную удалить приложение перед развертыванием новой версии. Например, допустим, что у вас есть приложение, поддерживающее iBeacon, и отметьте себя в качестве фонового потребителя Bluetooth Low Energy, тогда ОС хранит некоторые записи о вашем приложении, даже если оно не работает. Эта запись не очищается должным образом при развертывании новой версии (iOS 7.0.4). Это приведет к сообщению об ошибке, а также к зависанию протокола отладки и развертывания на телефоне. Телефон будет перезагружен.
Хак, чтобы обойти проблему - изменить идентификатор пакета вашего приложения на то, что телефон не видел. Затем он развертывается на телефоне как новое приложение, избегая проблем со ссылками на старое приложение.