Java 1.6 имеет класс TrayIcon, который можно использовать для отображения уведомлений.
SystemTray tray = SystemTray.getSystemTray();
Image image = Toolkit.getDefaultToolkit().getImage("tray.gif");
TrayIcon trayIcon = new TrayIcon(image, "Tray Demo");
tray.add(trayIcon);
trayIcon.displayMessage("Hello, World", "notification demo", MessageType.INFO);
Вот результат:

В Linux у вас также может быть небольшая программа notify-send.Это позволяет легко вызывать стандартную систему уведомлений freedesktop.org из оболочки.Вы также можете запустить его из Java.
String[] notifyCmd = {"notify-send", "Hello, World!"};
Runtime.getRuntime().exec(notifyCmd);
Мне нужно было apt-get install libnotify-bin
, чтобы получить это на моем Ubuntu box.1023 *
Я тестировал эти вещи на Windows 7 и Ubuntu 9.10.В каждом случае уведомление исчезало через некоторое время, что, я полагаю, индикатор затухания требуемый эффект.