Это не вопрос, на который есть конкретные ответы. Как вы правильно сказали, вы должны выделить и перечислить все «ужасно» выглядящие элементы, а затем начать исправлять их для IE7 и IE8.
Если есть проблемы с функциональностью, связанные с javascript, попробуйте изменить их на jQuery, чтобы убедиться, что он работает в большинстве браузеров.
Если проблемы связаны с дизайном, вам нужно будет задать конкретные вопросы, чтобы получить четкие ответы.