Крайне маловероятно, что ошибка в вашем коде может повредить физическую схему. Если это возможно, то это либо ошибка в дизайне платы, либо она должна быть очень четко задокументирована.
Если я могу предложить вам совет по многолетнему опыту работы с этими устройствами: не программируйте их при сборке. Вы сойдете с ума. Используйте C или BASIC или язык более высокого уровня. Microchip производит компилятор C для большинства своих чипов (не знаю об этом), и другие компании также производят их.
Если вы настаиваете на использовании эмулятора, я уверен, что Microchip создаст эмулятор почти для каждого из своих микроконтроллеров (по крайней мере, по одному из каждой линейки продуктов, что, вероятно, будет достаточно). Эти эмуляторы не всегда дешевы, и я не уверен в их способности принимать сложные внешние входные данные.
Если вы все еще хотите попробовать написать свой собственный, я думаю, вы обнаружите, что эмуляция самого PIC будет довольно простой - формат всех кодов операций хорошо документирован, как и архитектура памяти и т. Д. эмулировать другие устройства на плате и взаимосвязи между ними, которые убьют вас. Возможно, вы захотите изучить кодирование взаимосвязей между компонентами с помощью инструмента VHDL, который позволит вам создавать пользовательские симуляции для различных компонентов.