Большая часть вашего кода должна работать нормально, это неверная часть темы.
$terms = taxonomy_get_tree($vid, 0, NULL, TRUE);
$links = array();
foreach ($terms as $term) {
$uri = entity_uri('taxonomy_term', $term);
$link = array(
'title' => $term->name,
'href' => $uri['path'],
'attributes' => array('rel' => 'tag'),
);
$link += $uri['options'];
if (!empty($term->description)) {
$link['title'] = strip_tags($term->description);
}
$links['tid-' . $term->tid] = $link;
}
$variables = array(
'links' => $links,
'attributes' => array(
'id' => 'menu-' . $vid,
'class' => array('menu', 'clearfix'),
),
);
return theme('links', $variables);