У хостинг-провайдера нет причин ограничивать размер ваших файлов (если вы не говорите о монстрах размером в терабайты). Так что в основном они говорят об общем размере хранилища.
Репо состоит из ваших файлов и метаданных. То, как они хранятся внутри, отличается для каждого типа SCM.
Например, наименьший план Github.com имеет ограничение в 0,30 ГБ, а размер моего проекта составляет 50 МБ - превысит ли я этот предел с большим количеством ревизий?
На самом деле да, в конечном итоге вы превысите лимит. Но Git делает все возможное, чтобы хранить данные настолько эффективно, насколько это возможно, поэтому это не произойдет слишком рано, если вы не измените весь контент проекта при каждой фиксации.