Простое исправление - поместить стиль в панель обновления.
Экзампель напрямую взят по ссылке http://weblogs.asp.net/alessandro/archive/2007/12/31/updatepanel-css-stylesheet-upon-partial-refresh-bug-in-ie.aspx
<asp:UpdatePanel ID="TheUpdatePanel" runat="server">
<ContentTemplate>
<style type="text/css">
div
{
display:block;
overflow:auto;
}
.collapsed
{
height:50px;
}
.expanded
{
height:inherit;
}
</style>
<asp:Panel CssClass="collapsed" runat="server" ID="pnlMain">
1<br />2<br />3<br />4<br />5<br />6<br />
</asp:Panel>
<asp:Button ID="btnExpCol" runat="server" Text="Expand" />
</ContentTemplate>
</asp:UpdatePanel>