@Register
в основном используется для регистрации префиксов тегов до декларативно использование элементов управления на странице.
<%@ Register tagprefix="my" namespace="MyNamespace" %>
<my:CustomControl runat=server />
@Reference
в основном используется для ссылкина страницу или пользовательский элемент управления (по имени файла или виртуальному пути) для программно ссылаются на участников страницы или элемента управления.
<%@ Reference Control="MyControl.ascx" %>
<% MyControl ctrl = (MyControl) Page.LoadControl("MyControl.ascx");
ctrl.CustomProperty = "..."; //REFERENCE directive is needed to access property
%>