Я бы согласился, что абсолютные пути - это зло. Если вы не можете обойти их, вы можете, по крайней мере, установить свойство NUNIT_HOME в своем скрипте, которое по умолчанию равно C: ... и на вашем сервере CI вызовите ваш скрипт, передав свойство NUNIT_HOME в командной строке.
Или вы можете настроить свой сценарий так, чтобы переменная окружения NUNIT_HOME была установлена для работы NUNIT. Теперь вместо того, чтобы требовать, чтобы на машине, на которой он работает, nUnit находился в определенном месте, ваш сценарий требует, чтобы nunit присутствовал и был доступен в переменной окружения.
Любой подход позволит вам изменить используемую вами версию nunit без изменения сценария сборки, это то, что вам нужно?