32-битные приложения будут работать на ОС Win64.
Существуют некоторые специальные вещи, которые могут сделать, если вашему приложению необходим доступ к «истинному» каталогу system32 или определенным разделам реестра. Однако подавляющему большинству 32-битных приложений не нужно иметь дело с этим (некоторые могут включать файловые менеджеры или редакторы реестра). Фактически, перенаправление было специально введено Microsoft, чтобы перенаправления помогли совместимости приложений.
Однако, если вашему приложению требуется специальный драйвер устройства - его нужно было бы построить для 64-битной платформы (опять же, это довольно редко).
Вам следует протестировать ваше приложение на 64-битной платформе, но ожидается, что в целом оно должно работать.