Вы не должны делать резервные копии, работая с необработанными файлами MySQL. Таким образом, легко получить поврежденную базу данных. Подумайте, что произойдет, когда вы начнете копировать файлы на свой резервный носитель - копирование займет ненулевое количество времени, в течение которого база данных может потенциально записывать новые данные в различных местах, включая части, которые вы уже скопировали. Теперь вы копируете измененный файл, смесь старых данных и новых данных. Эта измененная копия почти наверняка будет повреждена.
Вместо этого вы должны использовать mysqldump или mysqlhotcopy, которые гарантируют стабильное резервное копирование.
Однако, если ваша база данных работает относительно тихо и вам удалось получить хорошую чистую резервную копию, файлы, которые необходимо восстановить, зависят от типа восстанавливаемых таблиц. InnoDB хранит все свои данные в файлах ib*, независимо от имени базы данных / таблицы. MyISAM использует файлы в каталогах, названных в соответствии с именами базы данных / таблицы.
После копирования резервных копий в правильные места вам придется перезапустить MySQL, так как он по-прежнему будет обращаться к исходным копиям файлов.