У меня была такая же проблема. В моем случае я обнаружил, что в моем .info файле моей темы я использовал некоторые функции, такие как:
features[] = MyFeature
Как только вы добавите одну функцию, она отменяет отображение всех встроенных функций, таких как поиск и т. Д., И поэтому они не отображаются на странице конфигурации вашей темы. Что случилось со мной, так это то, что окно поиска было отключено до того, как я запустил свою пользовательскую тему, но, поскольку я не мог видеть ее на своей странице конфигурации, я не смог ее снова включить.
Наконец-то я обнаружил, что могу нажать кнопку «Сбросить по умолчанию», и с этого момента моя тема унаследовала настройки поиска от глобальных значений по умолчанию.