Первый вопрос "имеет ли это значение?" В большинстве случаев все, что вы делаете в отношении пулов приложений, не будет перенесено в IIS7, поскольку большинство администраторов не будут обновляться на месте, поэтому вам придется воссоздавать объекты, по крайней мере, до некоторой степени.
Поскольку IIS7 делает по-другому, единственное, что приходит на ум, - это то, что IIS7 по умолчанию помещает каждый сайт в свой пул, что очень и очень хорошо делать вручную в IIS6.
Оба также имеют по умолчанию 20-минутный тайм-аут простоя пула приложений и ежедневный цикл, который, если ваши приложения полностью управляются (ASP.NET без COM-зависимостей), не имеет смысла - это пережиток эпохи ASP .OLD, когда вам нужно было утилизировать веб-сервер для самообороны. Я бы посоветовал снять эти ограничения и посмотреть, как идут дела - если вам нужно восстановить цикл, вы всегда можете. И IIS6, и IIS7 предоставляют вам несколько других вариантов принудительной переработки в случае необходимости.