Вы можете использовать Runtime.exec
и передать его cmd /c /path/to/your/batch/script
.
Начиная с Java 1.5, вы также можете использовать ProcessBuilder
.
Process p = new ProcessBuilder("cmd", "/c", "/path/to/batch/file").start();
Документация API для ProcessBuilder
описывает более сложную настройку с рабочими каталогами и тому подобное.