Мне просто нужно было пройти через приложение Grails, над которым я работаю. Вы будете иметь дело только с хранилищем ключей один раз. Предполагая, что у вас есть сертификат, просто поместите его в хранилище ключей, а затем укажите свой JVM на хранилище ключей через реквизиты командной строки ...
edit - я не знаю ни одного способа обойти необходимость в хранилище ключей. Но вы можете создать его, используя только те сертификаты, которые вам нужны, и передать их вместе с вашим приложением. Вы делаете это только один раз.
edit edit - вот команда для keytool и java CL prop
keytool -import -trustcacerts -alias www.the-domain.com -file the-cert.der -keystore store.jks
-Djavax.net.ssl.trustStore=/path/to/store.jks