Я воспроизвожу это под Windows: разделитель '-classpath' должен быть ';'там (не ':').Вы используете cygwin или какой-нибудь эмулятор unix?
Но скрипт Scala работает где угодно без текущего dir в classpath.Попробуйте использовать:
$ scala -cp log4j-1.2.16.jar backup.scala
JFI: LogFactory - это класс библиотеки slf4j (не log4j).
ОБНОВЛЕНИЕ
Еще один возможный случай: сломанный jar в classpath, может быть, во время загрузки или что-то еще.Интерпретатор Scala сообщает только о недоступном члене пакета.
$ echo "qwerty" > example.jar
$ scala -cp example.jar backup.scala
backup.scala:1: error: value apache is not a member of package org
...
Необходимо проверить содержимое jar-файла:
$ jar -tf log4j-1.2.16.jar
...
org/apache/log4j/Appender.class
...