Вы можете использовать XmlWriterSettings
для управления символами разрыва строки:
XmlWriterSettings xws = new XmlWriterSettings();
xws.NewLineChars = "\r\n";
using (XmlWriter xw = XmlWriter.Create("whatever.xml", xws))
{
xmlDocumentInstance.Save(xw);
}
Все, что вы используете для чтения в XML, может нормализовать окончания строк.