Хотя верно то, что последовательные вызовы animate будут создавать видимость, которую они выполняют в одно и то же время, основная истина в том, что они представляют собой отдельные анимации, работающие очень близко к параллели.при одновременном запуске используйте:
$('#trigger').hover(function() {
$('#box1').animate({..., queue: 'trigger-hover'});
$('#box2').animate({..., queue: 'trigger-hover'}).dequeue('trigger-hover');
});
Другие анимации могут быть добавлены в очередь 'триггера при наведении курсора, и все они могут быть запущены при условии, что последняя очередь анимации отключила их.