Вам нужно сослаться на каждый класс где-нибудь в вашем проекте. Самый простой / кратчайший способ, который я нашел, это добавить импорт, за которым следует имя класса в каком-то обычном месте, например, блок скрипта в Main.mxml, хотя на самом деле не имеет значения, где:
import some.package.MyClass; MyClass;
Надеюсь, это поможет.