Аналогично вышесказанному будет:
filename <- 'your/file/name/here'
fh <- file( filename, open='rt' )
line <- readLines(fh, n=1 )
tmp <- strsplit(line, "\\t")
first <- tmp[[1]][1]; second <- tmp[[1]][2]; third <- tmp[[1]][3]
Файловая функция создает соединение с файлом и открывает его, открытие не является обязательным, но если вы не открываете файл, то при чтении из него он открывается, а затем снова закрывает файл, если вы открываете файл затем он остается открытым, и следующее чтение продолжается с того места, где было оставлено предыдущее (наиболее близкое соответствие тому, что Perl делал бы выше).
Функция readLines считывает указанное количество строк (в данном случае 1)
тогда strsplit работает в основном так же, как функция разделения Perl.
R не имеет множественного присваивания, как Perl (часто лучше в любом случае просто сохранить результаты вместе, чем разбивать их на несколько глобальных переменных).