Я не уверен, что такое "справочный файл приложения"; Вы имеете в виду как двойной щелчок по файлу EXE в Проводнике или запуск файла из командной строки?
Не существует априорного способа определить, как была запущена ваша программа. Обычный обходной путь - настроить файл ярлыка для передачи параметра в командной строке. Затем проверьте наличие этого параметра во время выполнения. Если вы найдете его там, предположите, что программа была запущена с ярлыка. Ключом к этому подходу является тот факт, что вы не можете включить параметр при двойном щелчке файла EXE в Проводнике, поэтому, если вы найдете параметр командной строки, вы знаете, что программа не была запущена таким образом.