Поскольку вы работаете в SQL 2008, вы можете использовать команду MERGE для проверки (если вы все еще говорите о сравнении таблицы связанных серверов из вашего другого вопроса здесь).
Вы бы настроили заданиекоторая запускается под учетной записью с правильными разрешениями на чтение данных со связанного сервера в качестве источника команды MERGE, а затем удаляет записи в целевой таблице, соответствующие ей:
MERGE DBNAME.SCHEMANAME.TABLENAME t --this is your target (the local table)
using (SELECT * from SERVERB.DBNAME.SCHEMANAME.TABLENAME) s --this is your source (the linked server)
on (t.uniquefield = s.uniquefield) --join condition
when matched then delete -- when matched, then delete!
;