То, что вы можете сделать, это дать последнему, что ваша ветка отправляет в ваше окно собственное сообщение. Затем обработайте это как обычное сообщение, используя карту сообщений MFC. Если вы не можете изменить код потока, вы можете создать новый поток, который ждет вашего потока и затем отправляет сообщение.
Как вы уже заметили, блокировать поток графического интерфейса не очень хорошая идея ...
Редактировать: отправка сообщения осуществляется с использованием функции PostMessage, как указано в комментариях Ганса.