Вы не можете создать проект Enterprise Application, предназначенный для Tomcat. Tomcat не поддерживает все различные спецификации, которые позволят вам развернуть корпоративное приложение Java EE (файл ear). Tomcat поддерживает проекты веб-приложений (файлы war), которые используют подмножество спецификаций Java EE, таких как спецификации Servlet, JSP и Expression Language.
Мастер корпоративных приложений отображает только зарегистрированные серверы, которые смогут попытаться развернуть файл EAR, созданный при построении проекта.
Если вы создадите проект веб-приложения, вы увидите, что вы можете выбрать зарегистрированный сервер Tomcat в качестве цели развертывания (поле «Сервер» на странице «Сервер и настройки» мастера создания нового веб-приложения).