Насколько я знаю, проблема в файловой системе. Файловые системы Unix чувствительны к регистру, а Windows - нет. Насколько я знаю, нет никакого способа обойти это. У gcc, конечно, нет флагов, чтобы помочь с этим.
Следует помнить о разделителях каталогов. Вы всегда можете безопасно использовать косую черту "/" в #includes. Это будет работать даже для Windows.