Да, но вы должны сделать это в файле msbuild .csproj.Этот файл представляет собой просто список данных, таких как ссылки.
Что вы делаете, это добавляете оператор Condition в обе ссылки.
<Reference ..a.. Condition="'$LibToUse' =='NeoAxis'" />
<Reference ..b.. Condition="'$LibToUse' =='Unitv3D'" />
Затем просто определите командную строку var с именем LibToUse с требуемым значением.