Я парень по Java, но я думаю, что веб-сервисы легче кодировать в .NET. Visual Studio позаботится обо всем, в Java требуется немного времени, чтобы начать работу.
Немного проблем в некоторых проектах с JAX-WS заключается в том, что SUN поставляет «старую» версию 2.0 с Java 6. Если вы хотите использовать текущую версию, нужно немного поработать, чтобы заставил ее работать с Java 5 и Java 6.
Если ваше приложение должно быть переносимым, вам, очевидно, следует выбрать Java. В противном случае я бы сказал, что это просто выбор предпочитаемого вами языка, поскольку вышеперечисленные проблемы действительно небольшие (может быть, вы все равно хотите выбрать Axis или что-то еще, я еще не работал с чем-то другим, кроме JAX-WS).