Если вы используете Maven для создания своего проекта, просто используйте maven-shade-plugin ... отличные результаты и контроль, я часто его использую.
Для встраивания всех ваших зависимостей вы должны написать что-то вроде:
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-shade-plugin</artifactId>
<version>1.4</version>
<executions>
<execution>
<phase>package</phase>
<goals>
<goal>shade</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
</plugin>
Тогда с помощью обычного «пакета mvn» у вас будут все jar-файлы зависимостей, включенные в jar-файл приложения.
При дальнейшей настройке вы можете контролировать, что входит, а что нет.