Полагаю, вы пытаетесь внести изменения (Редактировать и продолжить) в фрагмент кода, который может быть запущен или не выполняться в данный момент. Если он не запущен, установка точки останова не приведет вас туда.
Когда вы нажимаете паузу, VS открывает Program.cs (потому что большую часть времени приложение бездействует и сидит здесь) и скрывает код, который вы хотели изменить.
Отладчик делает то, для чего предназначен. К сожалению, нет настроек, позволяющих изменить это поведение и разрешить исключение (выберите Инструменты> Параметры> Отладка). Самое простое, что нужно сделать, это закрыть Program.cs, и вы окажетесь именно там, где вы работаете, прежде чем нажать паузу.
В качестве альтернативы, напишите приложение, которое работает в фоновом режиме и отслеживает активность VS, и когда оно обнаруживает, что Program.cs открыт, закройте его. Для этого вам понадобятся функции API из user32, такие как FndWindow, GetWindowText и т. Д. Существует множество примеров кода, показывающих, как «шпионить» за другим приложением и контролировать его.