Абсолютно.
Перейдите в диалоговое окно «Отладка / Выполнить» (кнопка с раскрывающимся списком рядом с кнопками «ошибка» / «Перейти») и на вкладке «Аргументы» установите рабочий каталог, выбрав «Другое», а затем введя имя соответствующего каталога. Обратите внимание, что каталог может использовать «переменные», такие как $workspace_loc. Вы даже можете заставить его подсказать пользователю, используя $folder_prompt.