Не совсем уверен, является ли это каноническим способом сделать это, но добавление условия, подобного этому, будет работать:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index.php
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?ref=$1 [QSA]
(QSA для добавления любых строк запроса.)
Однако я бы рекомендовал дополнительно
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
, чтобы предотвратить отправку статических ресурсов через ваш index.php (если это не действительно то, что вы хотите.)