используйте этот код
$(".jstree li[role=treeitem]").each(function () {
$(".jstree").jstree('select_node', this)
});
и для загрузки используйте этот код
$(".jstree").jstree().on('loaded.jstree', function () {
$(".jstree li[role=treeitem]").each(function () {
$(".jstree").jstree('select_node', this)
});
})