После долгих поисков, проб и ошибок нашли решение
Чтобы получить дамп потока, запустите JMeter с помощью командной строки.
Открытый терминал (А)
$ cd /media/9260C06E60C05A9D/Downloads/jakarta-jmeter-2.4/bin
$ ./jmeter > temp
В другом терминале (B)
Получить идентификатор процесса JMeter
$ jps -l
$ kill -QUIT 21735
Теперь проверьте временный файл для дампа потока.
Чтобы использовать jstack, убедитесь, что пользователь и пользователь группы совпадают с пользователем, запускающим jstack