Еще одна причина, по которой вы не видите стандартный вывод вашей программы, - если вы разветвили процесс Java.
Это произойдет, если вы используете Java-задачу и выбрали ветвь выполнения для другой виртуальной машины:
<java classname="com.example.MyClass" fork="true">
...
</java>