Использование баз данных - это не так сложно, и любое дополнительное время будет хорошо изучено при использовании базы данных.
Подводные камни, которые я вижу, как упоминал Йонатан:
1. Обслуживание и добавление функций.
2. Нет простого способа запросить или просмотреть данные.
3. Очень небезопасно - взгляните на "hackthissite.org". Многие из начальных примеров связаны со взломом, когда кто-то помещает данные в файлы в жестком коде.
4. Сериализация будет работать для одного массива, то есть для одной таблицы. Если вам нужно что-то сделать, например, иметь родительские категории, которые должны соответствовать другим данным, то это не сработает.