Я полагаю, что вы не можете сделать это с WPF / XBAP, вы должны взять в Silverlight.
XBAP может работать только в браузере, но только на «полной странице» без html-кода, не-XBAP WPF работает только в автономном режиме. Sliverlight может работать как часть страницы, я почти уверен, что он может взаимодействовать с javascript на странице и может работать «вне браузера» (но не просто при двойном щелчке по файлу, вы должны запустить его в браузере и иметь опцию «установить» в приложении)