Назад, когда я использовал Rhino, я просто преобразовал свой Java-JSON-Object (org.json.JSONObject) в String и передал их в качестве параметра функции в функцию javascript, существующую в области rhino.
String itemDatagram = jsonItemDatagram.toString;
String code = "inside.js.scope.aFunction(" + itemDatagram + ");";
Тогда объект кода String должен быть оценен Rhino. Объект String автоматически становится объектом Javascript внутри области видимости js (на стороне Rhino). А поскольку JSON - это всего лишь подмножество объектов javascript, это должно быть тем, что вы хотите.