Используйте Firebug в Firefox или прокси-сервер отладки http, например Fiddler для Internet Explorer, чтобы точно узнать, что содержит ответ сервера. Может быть, ответ не PDF, а текст / HTML, который содержит Javascript window.close()
.
Полагаю, что опубликованный вами код по какой-то причине не выполняется, а происходит что-то еще.