Есть несколько способов сделать это.Я бы порекомендовал использовать альфа-параметр для glColor4F:
glColor4f(0.97, 0.58, 0.12, 0.2);
(это даст вам оранжевый маркер). Что касается функции смешивания, просто используйте:
glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);