Я бы рекомендовал вам прочитать perlfaq5: Как мне скопировать файл ?
После этого это не должно быть слишком сложно; Непроверенный код:
use strict;
use warnings;
use 5.010;
use autodie;
use File::Copy;
use File::Spec;
open my $files_fh, '<', '/path/to/txt';
my $files_dir = shift // '/path/to/dir';
my $destination_dir = shift // '/path/to/dir';
while (<$files_fh>) {
chomp;
next unless -d (my $file = File::Spec->catfile($files_dir, $_) );
copy($file, $file . '.cpy');
move($file . '.cpy', $destination_dir);
say "Copied [$file] and moved it to [$destination_dir]";
}